История с. Межводное тянется с древнейших времён — археологическими раскопками выявлено поселение позднекатакомбной эпохи (2 тысячелетие до н. э.). В 3-4 в. до н.э. Тавриду захватили греки, здесь в местах, удобных для торговли и обороны, появлялись крупные греческие города: Пантикапей, Херсонес, Кафа. Чуть позже греки начали осваивать и другие места полуострова, и в 3 в. до н. э. на территории современного Межводного появилось древнегреческое поселение, условно названное учеными Панское. Вскоре поселение погибло в результате нападения варваров. 

Во времена Крымского ханства поселение получило название Ярылгач. Это поселение было небольшим, потом вовсе пустовало, затем опять обретало жителей татарского происхождения. Так происходило вплоть до 19 века. Основными занятиями жителей деревни в те времена были земледелие, рыболовство, разведение тарханкутских овец, крупного рогатого скота. А в 19 веке после Крымской войны и частичной миграции татар, территории стали заселяться русскими и татарами. В 1915 году, в селе Ярылгач Донузлавской волости Евпаторийского уезда числился 91 двор с русскими жителями в количестве 492 человека приписного населения.
Голод 1921-1923 годов стал последним испытанием для половины жителей села. Пришли в упадок коллективные и индивидуальные хозяйства, созданные за время правления советской власти. Наибольший расцвет села пришелся на 1930-е годы, когда значительно повысили урожайность, завершили коллективизацию, улучшили культурно-бытовые условия и освоили сельскохозяйственную технику. Переходящим Красным знаменем наградили Ярылгачскую школу накануне Великой Отечественной войны за полную ликвидацию неграмотности и большие успехи в развитии образования. Более 200 жителей села отличились в годы войны, многие награждены орденами и медалями.
В апреле 1944 года село было освобождено от немецко-фашистских захватчиков, и в это же году переименовано в с. Межводное, а так же был создан совхоз Межводное, основным направлением деятельности которого стало крупное овцеводческое хозяйство. Сейчас, Межводное - перспективный курорт, который активно развивается. Строятся новые гостиницы, пансионаты, базы отдыха, расширяется инфраструктура поселка.